Проводимые в Национальном парке лесохозяйственные мероприятия направлены на охрану и защиту лесов, на содействие их естественному возобновлению. Лесохозяйственная деятельность на территории Парка году осуществляется в соответствии с Лесохозяйственным регламентом лесничества, Проектом освоения лесов, расположенных на землях «Национального парка «Водлозерский» на период 2011-2015 годов и ежегодно подаваемой лесной декларацией.
В качестве мер по охране, защите и воспроизводству лесов ежегодно на территории Парка инспекторской службой устанавливаются и обновляются квартальные столбы, выполняются работы по прочистке квартальных просек и расчистке границ Парка, выборочные рубки. Полученная древесина используется для ремонтных работ, обеспечения кордонов и производственной базы Парка дровами, на благоустройство территории. Древесина, полученная от рубок ухода, используется для строительных и ремонтных работ, обеспечения кордонов, местного населения и производственной базы парка дровами, на благоустройство территории.
Силами инспекторской службы филиалов и административного центра обследуются участки ветровалов, произошедших на территории Парка, выявленные по данным листков сигнализации, для принятия решений по улучшению санитарного состояния насаждений.
Предупреждение и борьба с лесными пожарами составляют одну из важнейших задач инспекции Парка. Для этого в лесничествах и на отдаленных кордонах созданы пункты сосредоточения противопожарного инвентаря, укомплектованные противопожарным и средствами пожаротушения в соответствии с утверждёнными нормами. Все мероприятия по предупреждению и борьбе с лесными пожарами на территории Парка выполняются в соответствии с ежегодно составляемым «Планом тушения лесных пожаров». В целях подготовки к пожароопасному периоду на территории Парка ежегодно выполняются работы по расчистке подъездов и обновлению мест забора воды и вертолётных площадок.
В порядке выполнения ограничительных противопожарных мероприятий для предотвращения бесконтрольного заезда на территории Парка ежегодно ремонтируются существующие и устанавливаются новые шлагбаумы и противопожарные аншлаги. Кроме того, выполняются работы по прочистке придорожной полосы вдоль лесохозяйственных дорог, ремонту существующих и по строительству новых мостов.
По территории Парка проложены туристические маршруты и тропы, организуются экскурсии и туры в «дикую природу» для посетителей и участников образовательных программ. Для снижения рекреационных нагрузок инспекторская служба занимается благоустройством территории и уборкой мусора, проводит ремонт и обновление туристических стоянок, расчищает тропы, заготавливает дрова для отдыхающих.