Инвентаризация рыбного населения Водлозерья, изучение экологии встречающихся здесь рыб, в отличие от соседних территорий, началось с некоторым опозданием. Первые рыбопромысловые сведения начали появляться в литературе во второй половине XIX столетия, а первый отвечающий минимальным инвентаризационным требованиям состав ихтиофауны был опубликован в 1939 г. Периодические, а затем относительно регулярные рыбохозяйственные исследования, стали выполняться на оз. Водлозере фактически с середины 50-х годов прошлого столетия. Со времени образования Национального парка «Водлозерский» они приобретают уже систематический характер.
Динамика уловов рыб холодноводного (ряпушка, снеток) и тепловодного (синец) комплексов в оз. Водлозере также оказывается тесно связанной с происходящими климатическими изменениями, а сами виды выступают в качестве биологических индикаторов наблюдающихся преобразований термического режима водоема.
С
2006 г., после строительства нерегулируемой плотины на р. Ваме, водоем
возвращается к статусу естественного. Этот процесс представляет большой
научный интерес и в настоящее время в парке начаты исследования по его
мониторингу. В связи с этим систематические наблюдения за промысловой
эксплуатацией запасов рыб, а также за состоянием их популяций в рамках
мониторинга биологических показателей и численности приобретает еще
большую актуальность. И в настоящее время задачи науки заключаются не
только в установлении новых параметров водоема и оценке состояния
населяющих водоем рыб, но и в прогнозировании и предупреждении
негативных последствий для них в целях сохранения рыбохозяйственного
статуса этого уникального карельского водоема.