В 1992 г. в Водлозерском национальном парке был сформирован научный отдел, сотрудники которого стали выполнять самостоятельные исследования. К работе преимущественно были привлечены ученые КарНЦ РАН – институтов леса, биологии, языка и литературы. Основным направлением работы отдела в тот период являлась инвентаризация природного разнообразия и культурного наследия Водлозерья.
Начиная с 2000 года, в отделе велась работа по выделению приоритетных направлений научной деятельности, оптимизации его кадровой структуры, режима работы сотрудников. В итоге была разработана долгосрочная комплексная программа исследований, отдел был укомплектован специалистами основных направлений научной деятельности.
К концу 2019 г. исследования в парке велись по трем направлениям:
1. Изучение и сохранение биоразнообразия экосистем, флоры и фауны национального парка «Водлозерский» как эталона естественных ландшафтов тайги европейского Северо-Запада России;
2. Святые и святыни Русского Севера: Поонежье, Каргополье, Водлозерье, Заонежье;
3. Экологический мониторинг и формирование базы данных о численности и распространении биологических видов на территории национального парка «Водлозерский» и федерального государственного природного заказника «Кижский»
В рамках указанных направлений разрабатывались 12 тем НИР.
Кадровый состав научного отдела был изменен в 2015 г. и к 2020 г. научный отдел насчитывал 6 сотрудников:
1) Мамонтов Виктор Николаевич, к.б.н., вед.н.с., начальник научного отдела – ведет работу по темам: «Изучение состояния популяции и использования территории парка северными оленями», «Инвентаризация флоры и фауны национального парка», «Создание базы данных распространения редких видов биоты на территории парка», «Изучение динамики численности фоновых видов животных и факторов ее определяющих»
2) Кожевникова Юлия Николаевна, к.и.н., ст.н.с. – ведет работу по темам: «Православные приходы Водлозерья: исторический аспект» «Три монастыря на Онежском озере и их святые основатели. Корнилий Палеостровский, Лазарь Муромский и Иона Клименецкий», «Монастырское освоение восточного и северного Прионежья в XV – первой половине XVIIIв.»
3) Кулебякина Елена Викторовна, к.б.н., ст.н.с. – ведет работу по темам: «Изучение распространения летяги на территории парка и значения ООПТ для сохранения вида», «Инвентаризация флоры и фауны национального парка», «Создание базы данных распространения редких видов биоты на территории парка»
По совместительству:
4) Ананьев Владимир Александрович, к.с-х.н., ст.н.с. – ведет работу по теме «Изучение влияния ветровалов и пожаров на ход роста коренных древостоев и оценка состояния лесных культур лиственницы в НП «Водлозерский»
5) Антипин Владимир Константинович, к.б.н., ст.н.с. – ведет работу по теме «Природное разнообразие болотных экосистем парка и их природоохранная репрезентативность»
6) Пигин Александр Валерьевич, д.ф.н., ст.н.с.– ведет работу по теме «Три монастыря на Онежском озере и их святые основатели. Корнилий Палеостровский, Лазарь Муромский и Иона Клименецкий»
Результаты НИР были опубликованы в многочисленных изданиях и широко представлены на международных и региональных научных конференциях, совещаниях, семинарах.
За 2015-2019 гг. научными сотрудниками парка по тематике исследований опубликовано 95 научных трудов, в том числе 2 монографии, 7 научно-популярных статей, 2 рекомендации и более 80 статей в различных научных изданиях (подробнее по ссылке)
Научное обеспечение функционирования ООПТ осуществлялось сотрудниками научного отдела и специалистами сторонних организаций до 2020 г. С 2020 г. по настоящее время исследовательская и мониторинговая деятельность ведется отделом экологического мониторинга и сохранения историко-культурного наследия (ОЭМиСИКН) с привлечением сторонних исполнителей.
К концу 2025 г. в составе ОЭМиСИКН работают 8 специалистов:
1) Ананьев Владимир Александрович, к.с-х.н., ведущий специалист по экологическому мониторингу (по совместительству)
2) Антипин Владимир Константинович, к.б.н., ведущий специалист по экологическому мониторингу (по совместительству)
3) Горелов Игнат Игоревич, ведущий специалист по экологическому мониторингу (по совместительству)
4) Кожевникова Юлия Николаевна, к.и.н., ведущий специалист по сохранению историко-культурного наследия (по совместительству)
5) Кулебякина Елена Викторовна, к.б.н., начальник отдела
6) Марковский Александр Владимирович, к.б.н., ведущий специалист по экологическому мониторингу (по совместительству)
7) Пигин Александр Валерьевич, д.ф.н., ведущий специалист по сохранению историко-культурного наследия (по совместительству)
8) Шулепова Полина Анатольевна, ведущий специалист по сохранению историко-культурного наследия (по совместительству)
Исследования, проводимые в парке, решают не только научные задачи, но также способствуют развитию других направлений его деятельности. В частности, на основании полученных разработок на территории парка определяются экологические маршруты, разрабатываются различные программы по экологическому просвещению, обосновываются рекомендации по рациональному природопользованию и т. д. Сотрудниками отдела осуществляется подготовка молодых специалистов высших и средних учебных заведений Карелии как в учебном процессе, так и при проведении студентами практики на территории парка и подготовке ими курсовых и дипломных работ.