Сохранение памятников и воссоздание традиционной архитектурной среды является одной из основных задач парка. Все памятники, находящиеся в ведении парка, закреплены за смотрителями - государственными инспекторами. С 1999 года действует договор о совместной деятельности с Карельским научно-производственным центром по охране и использованию памятников. Главным результатом совместной деятельности парка и центра стало завершение основных работ по реставрации храма Ильи пророка на Ильинском погосте.
В настоящее время ведутся работы по воссозданию внутренних интерьеров и убранства храма.На Водлозерье предпринимаются большие усилия по реставрации памятников деревянной архитектуры, восстановлению исторической системы расселения, возрождению старинных деревень ныне заброшенных. Восстанавливаются часовни, старинные крестьянские дома, на местах многих исторических поселений ставятся памятные знаки в виде православных поклонных крестов и часовен.