Основной задачей исследовательских работ парка на первых этапах являлась рыбохозяйственная экспертиза водоемов НП «Водлозерский» и оценка их значения для национального парка. Одновременно проводилась инвентаризация флоры и фауны водоемов, изучалась биология водных организмов. На оз. Водлозере осуществлялся ихтиологический мониторинг. Ежегодно проводился анализ промысловых уловов: определялся качественный и количественный состав уловов, возрастной и размерно-весовой состав рыб. Впоследствии была разработана система ихтиологического мониторинга, в соответствии с которой наблюдения за состоянием ихтиофауны осуществлялись с помощью комбинированных разноячейных сетей, устанавливаемых на определенных станциях в одно и тоже время.
Преимущество этой формы мониторинга заключалась в том, что анализу подвергались популяции рыб в целом, а не только их промысловая часть.
В последние 5 лет исследования ихтиофауны водоемов Национального парка носили более углубленный и систематизированный характер. В дополнение к задачам предыдущего периода все процессы, происходящие в составе рыбного населения, рассматривались в динамике. С использованием различных методик давалась оценка состояния рыб в водоемах, определялись также причины изменения в жизни рыбных сообществ.
Одной из основных причин, влияющих на состав рыбного населения и численность рыб водоема является уровенный режим, который на протяжении 70 лет значительно менялся как по годам, так и по сезонам.
Изучение состояния рыбного сообщества в разные этапы функционирования водохранилища свидетельствовало, что влияние режима уровней водоема проявляется как непосредственно (влияние на условия нереста, инкубацию икры и др.), так и опосредованно, через изменение гидрохимических условий, влияние на формирование прибрежной растительности и кормовой базы рыб. При этом все промысловые виды оз. Водлозера можно условно разделить на две группы: испытывающие влияние фактора уровенного режима и относительно мало восприимчивые к нему. К первой группе можно отнести большинство видов промысловых рыб, ко второй – такие виды, как налим, щука, окунь, ерш. Последние виды обнаруживают на протяжении исторического развития водохранилища стабильные показатели численности и доли в уловах.
Динамика уловов рыб холодноводного (ряпушка, снеток) и тепловодного (синец) комплексов в оз. Водлозере также оказывается тесно связанной с происходящими климатическими изменениями, а сами виды выступают в качестве биологических индикаторов наблюдающихся преобразований термического режима водоема.
Немаловажным фактором, обуславливающим изменения в рыбном сообществе является интенсивная промысловая эксплуатация Водлозера. При этом значительному прессу подвергаются наиболее ценные виды рыб водоема: судак и лещ.
В целом происходящие в водоеме изменения как глобальные – климатические, так и локальные – изменения гидрологического режима, интенсивность промысла – оказывают влияние на биологические параметры рыб и на структуру их популяций. В то же время, как показал использованный нами бальный метод оценки состояния ихтиоценозов, рыбное население оз. Водлозера находится пока, в удовлетворительном состоянии. Тем не менее, существует необходимость в усилении охранных мероприятий с учетом статуса озера и его бассейна как составной части особо охраняемой природной территории – Национального парка «Водлозерский».
Несмотря на то, что оз. Водлозеро остается высокопродуктивным водоемом Карелии, намечающиеся тенденции сокращения численности ценных видов рыб (судака, озерно-речной формы леща), возрастание численности малоценных видов рыб, в т.ч. синца, требуют разработки мероприятий по регулированию промысла на водоеме. Научным отделом парка ежегодно на основании биологических параметров рыб, анализа промыслового использования их популяций, разрабатываются рекомендации по оптимизации рыболовства на водоеме. В частности, на основании биологических разработок, на водоеме ежегодно проводится мелиоративный лов синца и других мелкочастиковых видов рыб, вводились ограничения по срокам использования промысловой базы и корректировка сроков и мест запрета лова рыбы.
С 2006 г., после строительства нерегулируемой плотины на р. Ваме, водоем возвращается к статусу естественного. Этот процесс представляет большой научный интерес и в настоящее время в парке начаты исследования по его мониторингу. В связи с этим систематические наблюдения за промысловой эксплуатацией запасов рыб, а также за состоянием их популяций в рамках мониторинга биологических показателей и численности приобретает еще большую актуальность. И в настоящее время задачи науки заключаются не только в установлении новых параметров водоема и оценке состояния населяющих водоем рыб, но и в прогнозировании и предупреждении негативных последствий для них в целях сохранения рыбохозяйственного статуса этого уникального карельского водоема.