Ильинский погост находится на территории Национального парка «Водлозерский», в северной части Водлозера на уединенном острове Малый Колгостров, добраться до которого с материка можно только по воде.

Существует предание, что Ильинский погост был создан на месте древнего языческого святилища, где совершали жертвоприношения местные племена, обитавшие здесь до прихода новгородцев. Историки полагают, что первые церкви на острове создали в XVI в. православные монахи, добиравшиеся до Соловков. Наиболее ранние сведения об Ильинском погосте в письменных источниках встречаются в жалованной грамоте, выданной водлозёрам новгородским митрополитом Варлаамом в 1592 году.

Ильинский погост сегодня украшает деревянная церковь во имя Илии Пророка, поставленная в 1798 году водлозерскими плотниками на средства прихожан на месте разобранного ветхого шатрового храма. Основой при строительстве служил проект, разработанный профессиональными архитекторами и утвержденный Олонецкой духовной консисторией, так как епархиальные власти не разрешили строить новую церковь по прежнему образцу. По мнению архитектора А. В. Ополовникова, который впервые в 1947 году обследовал и обмерил церковное здание, Ильинский храм возводился в несколько этапов. Его самой древней частью является четверик, к нему позднее были пристроены трапезная и колокольня, первоначально завершавшаяся шатром, стремительно взмывающим ввысь. На рубеже XIX—XX веков выдающийся памятник деревянного зодчества был обновлён. Колокольня лишилась своего шатра — вместо него был поставлен приплюснутый «полукумпол» со шпилем. Колокольня была обшита тёсом. Обшивка срубов церкви и трапезной слила в единую глухую массу все элементы здания; были уничтожены крытый висячий переход, соединявший колокольню и сени, а также два крыльца. Обновлен был и интерьер: старинный тябловый иконостас заменили новым — «составленным согласно правил архитектуры». В обновленном виде иконостас, утвержденный Олонецкой строительной и дорожной комиссией, представлял собой типичное эклектическое произведение второй половины XIX века. Были обшиты досками потолки и стены церкви.

Другая особенность Ильинского погоста — его сохранившаяся до настоящего времени ограда, укрепленная бревенчатыми срубами и крытая двускатной кровлей. В ней когда-то располагались лавки, где водлозерские крестьяне и купцы торговали по праздникам и в ярмарочные дни. Вероятно, праздничная торговля приносила им хорошую прибыль, поскольку на соседнем острове Колгостров были оборудованы обширные складские помещения для разных товаров. Такими массивными оградами, придающими архитектурным сооружениям сходство со старинными крепостями, были раньше окружены многие монастыри и погосты нашего края. Ограда Ильинского погоста послужила образцом при реконструкции утерянной ограды Кижского погоста.

В 1928 г. Ильинская церковь была закрыта советской властью. В 1932 г. репрессирован последний священник. Погост на Малом Колгострове опустел на 60 лет. И лишь с 1991 г., со времени создания Национального парка «Водлозерский», началось его возрождение. В 2006 г. здесь была образована Свято-Ильинская Водлозерская пустынь — мужской монастырь Петрозаводской и Карельской митрополии.

Ильинская церковь ныне поставлена на государственную охрану как памятник архитектуры федерального значения. Здесь совершаются монастырские службы. В 2016 г. построен зимний деревянный храм в честь Крестителя Господня Иоанна. Построены шесть монашеских келий, трапезная. Монастырю пожертвованы мини-электростанция, теплица, сенокосилка. Для обработки земли и строительных работ монастырь приобрел лошадь, для хозяйственных нужд и доставки продуктов на остров пожертвованы катер, моторная лодка и снегоход.