Национальный парк «Воттоваара» создан 20 октября 2023 года.
В январе 2024 года перешел в юрисдикцию Национального парка «Водлозерский».
Территория больше 14 тысяч га.
Парк родился как федеральная ООПТ из одной планируемой к созданию охраняемой территорий - ландшафтного заказника регионального значения «Горы Ахви - Варгуно - Пиро» и двух, один из которых действующий, ландшафтных памятников природы регионального значения - «Озеро Пизанец» и «Гора Воттоваара». Происхождением территории объясняется и ее многокластерность.
Создание национального парка дает возможность сохранить нетипичные для этих мест притундровые и лесотундровые ландшафты. Это также открывает новые возможности для изучения уникального по своим гидрометрическим параметрам озера Пизанец, которое образовалось в глубоком тектоническом разломе.