Неоценимую поддержку в становлении науки парка оказали ученые Карельского научного центра РАН, Петрозаводского и Санкт-Петербургского государственных университетов, Университета г. Хельсинки, Карельского государственного педагогического университета, Института озероведения РАН, Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН.


В разные годы работы парка среди его единомышленников были видные российские и зарубежные ученые: профессор, доктор биологических наук С.Н. Дроздов, профессор кафедры ботаники Университета г. Хельсинки Р. Руухиярви, главный научный сотрудник Института озероведения РАН, доктор биологических наук Л.А. Кудерский, профессор Санкт-Петербургского университета экономики и финансов, доктор географических наук В.М. Разумовский, зам. председателя Президиума КарНЦ РАН, доктор геолого-минералогических наук, член-корреспондент РАЕН В.С. Куликов, ведущий научный сотрудник Института Геологии КарНЦ РАН, доктор геолого-минералогических наук В.В. Куликова.


В настоящее время научный отдел парка всесторонне поддерживают и оказывают помощь сотрудники Карельского научного центра РАН и Петрозаводского государственного университета: старший научный сотрудник Института Леса КарНЦ РАН, кандидат биологических наук А.В. Полевой, старший научный сотрудник Института Леса КарНЦ РАН, кандидат биологических наук А.Э. Хумала, ученый секретарь, научный сотрудник Института Леса КарНЦ РАН, кандидат биологических наук О.О. Предтеченская, старший научный сотрудник Института Леса КарНЦ РАН, кандидат биологических наук А.В. Руоколайнен, старший научный сотрудник Института Биологии КарНЦ РАН, кандидат биологических наук М.А. Бойчук, профессор ПетрГУ, доктор биологических наук В.Н.Тарасова, доцент ПетрГУ, доктор биологических наук А.В. Сонина, младший научный сотрудник ПетрГУ Р.В. Игнатенко.


Помимо вышеобозначенных организаций, парк сотрудничает в рамках подписанных соглашений с рядом других учреждений: ФГБУ «Национальный парк «Кенозерский», Белорусский государственный университет, ФГБУ «Государственный природный заповедник «Пасвик», ФГБУ «ВНИИКР», ФГАОУ ВО «Северный (Арктический) федеральный университет имени М.В. Ломоносова». Результатом сотрудничества становятся научные экспедиции, участие в проводимых сторонами конференциях, обмен опытом научной работы.