Государственная инспекция обеспечивает на территорий Парка и Государственного природного заказника федерального значения «Кижский» соблюдение установленного режима особой охраны и других требований природоохранного законодательства. Организует государственный контроль в границах функциональных зон Парка за выполнением природоохранных, лесохозяйственных и иных мероприятий.
Контроль установленного природоохранного режима обеспечивается как оперативными мероприятиями, так и разъяснительной работой с посетителями и местными жителями.
Основополагающим документом в работе государственной инспекций является Федеральный закон № 33-ФЗ от 14 марта 1995 года « Об особо охраняемых территориях». При посещений территорий Парка посетители обязаны зарегистрироваться и получить разрешение в Административном центре г. Петрозаводск или в одном из филиалов.
Государственной инспекцией проводятся оперативные рейды по охранным маршрутам, патрулирование территорий по постоянным и разовым маршрутам, контролируется природопользование, рекреационная и туристическая деятельность. На постоянной основе в Парке создана оперативная группа, в сферу деятельности которой входит вся территория Национального парка и Государственного природного заказника федерального значения «Кижский».
Одной из важнейших задач государственной инспекций является предупреждение и ликвидация природных пожаров на территорий Парка. Для этого в лесничествах и на отдаленных кордонах создаются пункты сосредоточения противопожарного инвентаря, укомплектованные мотопомпами и необходимым для тушения лесных пожаров оборудованием, создаются специальные оперативные планы, проводится ежегодная учеба для инспекторов Национального парка, а так же постоянно проводятся профилактические мероприятия с посетителями и местными жителями с целью недопущения возникновения лесных и торфяных пожаров.